1964年，美国纽约布朗克斯区，圣尼古拉斯天主学校。修女阿洛伊修斯•贝维尔（Meryl Streep 梅丽尔•斯特里普 饰）令行禁止，教条严明，为学生们所畏惧；而新来的布伦丹•弗林的神父（Philip Seymour Hoffman 菲利普•塞默•霍夫曼 饰）则态度和蔼，处事开明，受到学生们的喜爱。
　　这期间，弗林尤其关心学校内有史以来第一位的黑人学生唐纳德•米勒（Joseph Foster 饰）。某天，詹姆斯修女（Amy Adams 饰）将唐纳德的奇怪表现报告给贝维尔修女。贝维尔认定弗林正与男孩发展不正当的关系，她决心不惜一切代价制止。然而事实究竟怎样？

　　自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……
　　本片为同名美剧的第二部剧场版。

　　外人看来，彼得（连姆·尼森 Liam Neeson 饰）无疑是一个幸福的男人，妻子丽萨（劳拉·琳妮 Laura Linney 饰）温柔漂亮，两人的婚姻稳定而美满。可近日来，彼得发现丽萨的行为举止越来越奇怪，多疑的他本能的想到，丽萨可能已经另结新欢了。面对妻子的出轨，占有欲极强的彼得感到妒火中烧，通过种种线索，一个名叫雷夫（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰）的男人浮出了水面。
　　追随着丽萨的脚步，彼得来到了意大利，在这里，他果然见到了雷夫。狡猾的彼得决定先隐藏身份，接近雷夫。可是，随着彼得和雷夫的关系越来越近，彼得发现自己渐渐无法控制自己的言行，他对雷夫的存在深恶痛绝，恨不得杀之而后快。

　　单身妈妈珍妮弗·马什（迪安·雷恩 Diane Lane 饰）是供职于FBI网络犯罪科的探员，她日常的工作就是对网络进行监视，查找任何一个盗取信用卡及其他可能造成危害的犯罪分子。在一次围剿信用卡盗贼的行动中，珍妮弗偶然进入一个名为KillwithMe的网站，网站通过视频直播一只小猫受虐死去的全过程。珍妮弗直觉该网站背后必有黑幕，她试图追踪IP和服务器，最终一无所获，似乎她所面对的对手具有颇为复杂的背景。
　　不久，该网站更新内容。画面中一个男子被捆绑起来，网站宣称浏览者越多，那名男子死得越快。珍妮弗等人眼睁睁看着男人死去，她决定不惜一切代价救出幕后黑手，却让自己也卷入这个死亡漩涡之中……

　　1928年美国洛杉矶，在电话局接线台工作的克莉斯汀•柯林斯（Angelina Jolie 安吉莉娜•朱丽 饰）独自抚养儿子沃特（Gattlin Griffith 加特林•格里菲斯 饰），母子的生活简单而幸福。然而她们的生活很快被打乱，某天当克莉斯汀下班后，发现儿子不见踪影。
　　在公众的舆论压力下，腐败的洛杉矶警方于5个月后找回沃特，但克莉斯汀发现这并非自己的亲生儿子。她三番五次要求警方澄清事实，帮其寻找真正的沃特，却一次次受到阻挠和指责，甚至以妨碍警方公务的罪名被送入精神病院。一向以揭露警方暴行为己任的牧师古斯塔夫•布里格拉伯（John Malkovich 约翰•马尔科维奇 饰），为了这个可怜女人的不幸遭遇奔走呼告。
　　另一方面，探员莱斯特（Michael Kelly 饰）在侦办一件偷渡案时，无意中发现了一起重大的连环儿童杀人案。少年沃特的失踪案似乎渐露眉目……

　　女记者瑞秋（凯特·贝金赛尔 Kate Beckinsale 饰）从线人处获得了一份情报涉及政府一次相当不光彩的行为。在丈夫雷（大卫·休默 David Schwimmer 饰）支持下刊登了这起新闻报道。政府最终以泄露国家 机密的罪行将瑞秋推上被告席，主审该案件的则是自负的检察官帕顿（马特·狄龙 Matt Dillon 饰）。在法庭上，面对帕顿的层层逼问，瑞秋坦然地叙述了整个事件的前前后后，公众心中的天平也开始往瑞秋方面倾斜，但是艾伦坚持要求瑞秋必须说出资料的提供者是谁，瑞秋逐渐地陷入进退两难的境地。艾伦开始向舆论和瑞秋的家人施加压力，而雷也渐渐地抵抗不住国家给予的压力，建议瑞秋屈服于国家。但瑞秋向雷表达了自己的坚持：真相至上。

　　外人看来，彼得（连姆·尼森 Liam Neeson 饰）无疑是一个幸福的男人，妻子丽萨（劳拉·琳妮 Laura Linney 饰）温柔漂亮，两人的婚姻稳定而美满。可近日来，彼得发现丽萨的行为举止越来越奇怪，多疑的他本能的想到，丽萨可能已经另结新欢了。面对妻子的出轨，占有欲极强的彼得感到妒火中烧，通过种种线索，一个名叫雷夫（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰）的男人浮出了水面。
　　追随着丽萨的脚步，彼得来到了意大利，在这里，他果然见到了雷夫。狡猾的彼得决定先隐藏身份，接近雷夫。可是，随着彼得和雷夫的关系越来越近，彼得发现自己渐渐无法控制自己的言行，他对雷夫的存在深恶痛绝，恨不得杀之而后快。