《大明悬案录之泥犁篇》讲述六扇门女捕头丁昭昭在上任之初就被卷入离奇的妖狐杀人案，死者在密闭房间被拔舌而死，做成了陶俑，而后面的连续案件更加诡异。在众目睽睽之下身体起火被烧死的书院学子，镖头封存好箱子送到百里之后，最终箱子打开却出现了镖头被冰冻的尸体，大牢内被悬挂于铁树之上的小吏，死于血池中的厨娘一家，他们无一不是死于十八地狱刑罚之下。丁昭昭剥丝抽茧，发现这些都与十年前的一场善堂火灾案有关，更让她震惊的是，自己的父亲也牵扯其中，而这场复杂大戏的策划者，居然就是一路和自己携手探案的侠盗楚不凡。
关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。 远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的凛（木村文乃 饰）隐姓埋名，作为医生源三郎（高桥克实 饰）的助手，与无血缘关系的养女时（田牧空 饰）平静生活。某日，为了获取治愈时病症的药，凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎（田中树 饰）被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……
