《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
香港法证部高级化验师高安（黄浩然饰）、法医科高级医生闻家希（李施嬅饰）、西九龙重案组高級督察郭辉煌（谭俊彦饰），这「灭罪铁三角」带领着精英团队，用专业的法证科学，揭示惊人的预谋策划；用精密的法医知识，破解隐蔽的人体密码；用严谨的执法精神，披露震撼的罪恶真相！热血记者徐意（汤洛雯饰），童年憾事竟与高安紧扣牵连；法证专才水慧明（陈炜饰），遭至爱背叛顿成杀人疑凶；警队精英高靖（朱晨丽饰），锲而不舍追寻亲人被诱拐真相...... 谜团奇案，重重交错；冷血凶徒，幕幕惊心！人在做，天在看！「灭罪铁三角」坚守「邪不胜正，恶不抵善」的信念，誓为死者发声，替生者雪冤！
