《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
他是一个锅炉工，在市场一次偶然的遭遇，让他当了警察，开始抓小偷。 他的豪言壮语只是“打死也不能管小偷叫爷”。 为了抓贼，他苦练一门绝技。在茫茫人海当中，他可以一眼就锁定小偷。 贝戈十，捷安特……因为软弱，师傅死了。临终的遗言是：“人，不敢软弱。” 他收了徒弟，他当了模范，他屡立奇功…… 公安局长的包让贼偷了。 他只用了两天就锁定了“公主”，可是……这次，他软弱了吗？
酉阳城地处川鄂湘黔四省交通要冲，历来为兵家必争之地。广州解放后，蒋介石重温“陪都”大梦，将中央政府再次迁到重庆，企图割据西南，以待时变，东山再起。蒋介石命宋希濂加强重庆周边特别是酉阳等地的兵力 部署，委任亲信申易棠出任酉阳靖绥公署专员兼军政长官。与此同时，我地下党小组负责人、商会副会长周纯之接到上级指示，策反申易棠。经过与保密局和各方力量的反复较量及艰难曲折的斗争，成功的策反功败垂成。为了不影响解放大军步伐，周纯之以牺牲自己生命为代价，通过自己培养的革命接班人送出情报，大军胜利解放酉阳，兵临重庆城下。
该剧主要讲述吴邪在十一仓得知三叔在死当区发现听雷这件事后，再次出发前往调查。与王胖子、张起灵、白昊天等一路追寻三叔的足迹，最终前往雷城的故事。但随着“听雷”的秘密逐步揭开，一个暗藏许久的阴谋也在逐步向他们逼近......
雷小凤（汪明荃 饰）是公司总裁的秘书，掌管着公司里大大小小的各类事务，她个性强硬为人又果断，因此总是给人“女王”的强势印象，大家表面上对她敬畏有加，但背地里其实很不服气。 某日，宣传部来了新任经理缪惜之，雷小凤奉命为其面试秘书。面试途中，雷小凤结识了名为施 拾壹（杜汶泽 饰）的单身爸爸，施拾壹的能力和个性都远远未能达到雷小凤在心中设定的合格线，然而缪惜之竟然不顾她的反对，将其录用，而缪惜之的真实身份，竟然就是雷小凤失散多年的女儿。然而，重逢并没有带给这对母女什么温馨的桥段，正相反，缪惜之的心中充满了对母亲的怨怼和责问。
该剧讲述了一场因错位人生阴差阳错产生的虐恋复仇故事。梁国最受宠的皇子温知渊（邓超元 饰）错将陈国大将的女儿宋微微（张龄汐 饰）当成妹妹温柔带回梁国。一心只为报杀父灭国之仇的宋微微，遇到看似无心争抢实则暗谋多年温知白（黎明旭 饰），二人联手成功让温知白夺得太子之位，温知白与宋微微也因此产生了一段注定无果的单箭头虐恋。
