工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。
　　众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话。

　　接线员里子（池胁千鹤 饰）刚从失恋的痛苦中走出来，可是她仍期待着新一段恋情的到来。
　　态度和蔼的店员秋代（中越典子 饰），欠下了一大笔债务，她孤单得想要自杀。而塔子的工作极其不如意，千裕的生意也不甚如意。
　　四个性格各异的女子都有着各自烦恼的事情，都感受到活着的痛苦。而生活有能否在她们的坚持与努力中出现转机，得到改善呢？

　　岸田智也（市原隼人）和佐藤葵（上野树里）在大学结识。二人非常合拍，葵还常常给智也出谋划策如何追女生。葵是独立电影制作小组的成员，她要在毕业前导演一部叫《THE END OF THE WORLD》的电影，于是决定选用智也当男主角。无奈毕业后，路开始分叉。葵引荐智也去了一间影视社工作，重遇那晚葵想说出对智也的情愫，然而终究没有开口。
　　葵不久飞往美国留学。正巧智也抬头，看到天空挂着彩虹。他兴奋地拍下，发送给相隔重洋的葵，但是却得到了葵飞机失事罹难的噩耗。亲人同学都悲伤不已，用她生前的电影去悼念逝者，在智也的心目中，葵也始终朦胧的牵动着他内心的爱。

　　故事发生在超级贵族女校圣女学院中，在这里生活学习的，都是出生高贵的千金小姐，她们的举止投足之间优雅气息显露无疑，绝对不可能做出任何有违身份的失礼之举，钦慕她们的平民们称之为“大天使的少女们”。
　　城史绪从小过着和母亲相依为命的平常生活，然而，某一天，这城史绪唯一的依靠突然去世。无奈之下，城史绪只能来到了从未见过面的哥哥一臣（伊势谷友介 饰）家中寄宿，哪知道身为贵族的哥哥和自己简直不是一个世界的人。就这样，城史绪成为了圣女学院中的转校生，来自于平民社会的她必须在短时间内学会只属于王公贵族们的种种繁文缛节，除此之外，她还要面对的是校园里接二连三发生的各种意外。

上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。
 与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。
 同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......
 两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？

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