这是一个由来已久的故事。一部新儿女英雄传。
　　楼兰王宫后帏的一场讳莫如深的私情，一场雷鸣电闪的杀戮。王妃死去，武士火旋龙带着孪生儿子中的一个用无极宝刀冲开楼兰国王的兵阵，消失在漠之中。
　　大漠孤烟，长河落日，十八年后，当年的武士在一次追杀中成了拐子，带着孩子和结义兄弟的女儿在双旗镇客栈平静内敛地生活着。憨厚明亮的大漠少年孩哥和美丽多情的大漠少女好妹，两人并不知真相地以兄弟相称快乐成长。

　　新派武俠劇「六指琴魔」描寫一場江湖上是非恩怨的正邪鬥爭，引申出人性的是非黑白，正義是受人敬重的。江湖兒女剛強豪邁，俠骨柔腸，但在情感方面，亦難免愛恨交織，撲朔迷離。
　　呂倫﹝吳啟華飾﹞巧遇青花和烈火祖師決鬥，出手相助青花擊敗烈火祖師，因而結識青花女兒譚月華﹝藍潔瑛飾﹞。及後機緣巧合，倫拜玉面神君東方白﹝石修飾﹞為師。白與華父譚昇得聞武功秘笈八龍吟、琴譜重現江湖，於是四出追查，欲找出琴主稱霸武林之真相。
　　另一方面，六指琴魔﹝關海山飾﹞悉倫根骨奇佳，欲收之為徒，用計將倫擄上仙人峰，白及昇合力將倫救出。倫重獲自由，遇上鬼奴，兩人結為知己，卻又同時愛上華，但華早已對白暗生愛慕之意。
　　琴魔與昇大戰，傷重逃命，倫誤聽琴魔謊言，出手相救而種下了一連串武林慘劇。劇中夾雜著倫與端木紅﹝鄧萃雯飾﹞的愛情矛盾，及華兄譚奕飛﹝吳鎮宇飾﹞與邪門中人韓玉霞﹝周秀蘭飾﹞的撲朔戀情。而華與白大婚之日，琴魔以琴音令倫、華亂性，發生關係。白、倫、華從此陷入一段糾纏不清的孽情。劇情發展，更見複雜奇情。

　　余英男（鲍逸琳 饰）女扮男装，结识了名为石中玉（赵擎 饰）的青年，两人一见如故结伴而行，共同寻找传说中的冰蝴蝶。之后，他们又在误打误撞之中认识了丁引（马景涛 饰），丁引和石中玉从最初的冤家路窄最终演变成了惺惺相惜，彼此之间结下了深厚的情谊。
　　魔教绿袍老祖（钱小豪 饰）现身江湖，为非作歹，他设计欺骗利用丁引，被后者识破，丁引反抗不成身负重伤，所幸得到瑶池仙子（陈德容 饰）出手相救才保住性命。之后绿袍劫持了余英男，却引出了正道高手晓月禅师。其实，晓月禅师的真实身份是绿袍老祖的父亲，看见儿子误入歧途，晓月禅师企图用佛法将其感化，哪知道绿袍老祖早已经丧失了理智，竟然干出了弑父这样大逆不道的事情，而后将晓月禅师的死，栽赃在了丁引的身上。

　　孝明年间，山河动荡，武林黑暗。隐姓埋名的侯府公子左卿辞，以江湖游医身份，在两月之期内，寻找一卷遗失的山河图，由此结识了易容盗贼飞寇儿。飞寇儿背景神秘，为给师父苏璇盗药不慎曝光身份，竟是正阳孽徒——苏云落。
　　正阳掌门金虚真人号令武林，抓捕苏云落。左卿辞为救苏云落，不惜身陷江湖风波。此时危机频发，侯府满门遭到权臣威宁侯陷害，左卿辞不得不卷入家国乱局。苏云落与之一同抽丝剥茧，翻出一段江湖秘史，更由此牵连出一段十年前的朝堂真相。
　　江湖相知，庙堂对峙，一为光明筑道，一为黑暗破局。 他与她明明触手可及，却永隔一寸相思......

　　二十年前，净天派因受到邪派卢戎部落长老的挑拨，与武林为敌，受到武林四大家族和蜀山围攻，掌门江傲天送走已怀身孕的妻子欧阳倩，自己被蜀山镇压在禁洞中。二十年后，傲天之子江一凡偶遇身患怪病的唐若云、蜀山弟子小蛮及龙羽后，他是净天派首领江傲天的儿子的消息不胫而走，被视为江傲天孽子的他，成为各家追杀的对象。一凡胸怀赤子之心，坚守正道，忍受着世人异样的目光，通过重重考验拜入蜀山门下，发奋练习，进步神速。但他却因自己的身世不敢面对与唐若云的感情，烦恼之时发现若云竟身患绝症，生命危在旦夕。一凡历经千辛万苦，虽救出生父江傲天，但无力挽救若云。伤心之余他依然坚持心中正义，不受奸人挑拨，以高超的武功和强大的人格魅力赢得了武林各派的信任。最后父子联手，打败邪派长老，拆穿了他妄图颠覆武林的阴谋，维护了江湖的和平。

　　苗翠花（关咏荷 饰）到广州探望父亲，生性好强的她与当地首富方德（江华 饰）多次结怨。翠花误伤了漕督大人的儿子，使之变成了白痴。愤怒的漕督扬言要找翠花报仇，与翠花父亲甚有交情的方德出面相救，冒险认了翠花是自己的四姨太，以方德与恭亲王的交情保住了翠花的性命。
　　而翠花更将错就错嫁入了方家，引起了方家妻妾的不满，翠花更多次违反方家的家规，与方德的冲突不断。但在往后的日子里，两人共同面对了许多的患难，当二人情愫渐生的时候，方德因为帮助反清义士而被捕了……