尹青松夫妇在无意之中得到了江湖人士人人垂涎三尺的武林圣火令，传说只要练就此功，方能称霸武林。夫妻两人遭到了各帮各派刺客的追杀，并且最终命丧峨眉派掌门人静音师太（刘雪华 饰）手下。静音师太得到了阴圣火令，并且带走了尹青松的女儿尹丹凤（杨菁菁 饰），尹丹凤的哥哥尹天仇（莫少聪 饰）则被幽灵鬼叟（郭追 饰）收养。幽灵鬼叟和静音师太约定十八年后一决胜负。
　　幽灵鬼叟将毕生所学传授给了尹天仇，希望他能够替他的父母报仇。而静音师太则欺骗尹丹凤杀害她父母的凶手正是幽灵鬼叟，愤怒的尹丹凤苦练武功，发誓要置幽灵鬼叟于死地。

　　两名农夫搭木筏至一孤岛兜售鸡鸭，岛上气氛诡异，两人胆寒之下突遇一群面具人袭击，农夫一死一降，皆被岛上屠夫解体后当做食物分发给饥肠辘辘的岛民。原来此岛辖属大家乡，不知何时岛民开始以人肉为食，保安队负责维持治安与食物配给。
　　密探九九九（徐少强 饰）为追踪江洋大盗劳力士（黄锦燊 饰）与一自称“包铁胆”的蟊贼登岛，击倒岛上屠夫后九九九拜访大家乡保安队长（高雄 饰），队长将其引至屠场，九九九力战群凶后负伤逃脱，在一民女阿莲家调养之后向队长求证，然而一无所获。
　　先前劳力士选择大家乡任保安副队长，以求洗心革面，谁知事与愿违却做起了吃人的勾当，劳力士几次计划向岛外求援却全被破坏，这次向九九九报警仍不被理睬，无奈之下放出被囚的包铁胆，自己反被队长杀死。九九九又一次经历围攻而大难不死，他决定和包铁胆、阿莲姐弟一起逃离食人岛……

　　白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。
　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。