《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终………

　　孤寡大半辈子的丁奶奶含辛茹苦拉扯大的两个独生子如龙、如虎都已过不惑之年。忠厚、善良又有些软弱的建筑工人如虎，为了老母和三个孩子，在妻子死后多年，依然孤身一人照顾全家。直到遇见进城打工的善良女子月菊，压抑多年的情感才又复苏，丁奶奶却以死相逼，不愿孙儿孙女有后妈。另一边，身为处长的如龙春风得意，却不愿照顾老母亲，丁奶奶愤怒之下，喝下了敌敌畏……
　　如虎为治疗已成植物人的母亲耗尽了积蓄，而如龙也费尽心机地想甩掉治病的无底洞，一个偶然的机会促使他鬼使神差地偷走了一张空白的死亡证明！办丧事之时，“已被证明死亡”的丁奶奶由于火葬场的停电“死”而复生！这一震惊的消息牵涉了许多人，如虎不愿如龙前途被毁而顶替入狱，医院医生被开除，丁奶奶也带着遗憾悲怨地去世了……
　　一场风波过去，结果究意如何？法律的神圣尊严是否会还人们公正的结果，如虎是否可以和月菊牵手相伴？

　　这是一个浪漫凄美的爱情故事，也是一个气势磅礡的历史宫闱权力斗争的故事。
　　明末清初，蒙古大帝努尔哈赤的儿子、清朝的开国功臣多尔衮，经过多年的南征北伐，成功扩充满蒙的版图，最终目的，志在一举攻破明朝的崇祯皇帝，建立大清帝国。多尔衮武功盖世，但同时铁汉柔情，钟情于满蒙第一美人大玉儿，可惜在他征战期间，其兄皇太极不但占据了本来属于他的皇位，更娶了他青梅竹马的恋人大玉儿为妃，朝廷关系由是极度紧张。
　　多尔衮以大局为重，挥军继续向明朝进逼，终于击败明朝文武双全的第一大将洪承畴，正要直捣京师，皇太极却得病去世，临终没有明确指定继位人，多尔衮的同胞兄弟多铎及手下诸将，怂恿他夺响应该属于自己的帝位；但满朝文武却众议纷纭，有拥皇派支援皇太子登基。为避免大清在此关键时刻分裂，建国大业功败垂成，多尔衮毅然拥立他唯一可以接受的皇子 ---- 他情人大玉儿替皇太极所生的儿子 ---- 年仅五岁的爱新觉罗福临为帝，改元顺治，是为清朝首位皇帝。多尔衮自任摄政王，情人大玉儿成了孝庄皇太后。
　　身为大清摄政王的多尔衮，勇不可当，誓言领兵一举攻陷北京，建立大清帝国，离开盛京出发前，向孝庄许下诺言，攻进北京之后，马上恭迎皇太后孝庄及顺治皇帝福临入京，然后携手协助福临管治国家，直到福临十四岁时归政，届时两人消遥于山水之间，再续未了情缘。
　　多尔衮果然马到功成，明朝覆亡，崇祯帝自尽，清军进驻中原。但皇位的诱惑实在太大，多尔衮有感江山是自己一手打回来的，其弟多铎及手下猛将们，亦质疑他为何要把皇位拱手让与一个毛头小子，众人酝酿着密谋篡位。消息传到远在盛京的孝庄，孝庄芳心暗碎，但以自己一介女流之辈，儿子福临又年纪尚幼，绝对没有力量对抗独拥兵权的多尔衮，遂准备自尽以成全爱人多尔衮。但一往情深的多尔衮，力排众议，在最后关头，决定弃权力而重感情，回盛京恭迎孝庄及福临，两人重逢，彷如隔世。
　　顺治皇朝由是建立，但其后的十数年，多尔衮、孝庄及福临，却陷入一个刚柔角力、爱恨难缠的局面。

　　老臣少君宫廷斗气各不相让，少君老臣口角之争各有千秋。在本剧的前传《李卫当官1》中，李卫由一名街头小混混，变成了一代名吏。在本剧中，一开始雍正已逝，乾隆即位。有道是一朝天子一朝臣，登位之初，乾隆对李卫一点儿也不喜欢，尤其看不惯李卫身上的混混气。碍于是前朝老臣，能留给几分面子就已经不错了。李卫何等聪明，乾隆又是他在雍亲王府里看著长大的，知道这个新皇帝和雍正的行事为人全然不同，所以从一开始，他就决意辞官，回家种地去。年轻的乾隆由于经验不足，往往事与愿违，越想展示自己的才华，越是常常陷入尴尬。而李卫一心想辞官归里，可越想躲越躲不过，还因为他的老辣和老道，将一件件棘手的难事办得滴水不漏，每次帮乾隆保住了面子，于是别人想爬爬不上去的，李卫却想下还死活下不来……
　　乾隆面对李卫是很矛盾的，既不喜欢他又不能不用，当最讨厌李卫的时候，恰恰李卫办出了漂亮的事；当想重用李卫的时候，李卫却自己往后退，一再递上辞官摺子，令乾隆气也不能恨也不是。李卫面对乾隆，也是无可奈何，由于有一层君臣的名分，大水漫不过鸭子。面对乾隆的华而不实、心高气盛的作为，也常常有戏弄之举，由于行事老道，分寸火候拿捏得让谁也说不出什么……

　　皮影工人赵东风莫名其妙的被美貌出众的程丽娜看中并闪电相嫁，赵东风欣喜而困惑。他们很快便有了孩子，赵东风开始满足于自己突来的幸福。但赵东风开始发觉程丽娜不时有一些诡秘的电话，面对程丽娜对此支支吾吾的借口，赵东风心中渐生疑云，有一天，程丽娜突然抱着孩子不告而别！
　　赵东风发疯般寻找程丽娜，他根据线索找到程丽娜租住房屋的地址，但当他赶到后
　　发现，程丽娜刚刚带着孩子仓惶逃离。
　　赵东风震惊：程丽娜为什么要逃离自己？是否是另有隐情？他决心要找到程丽娜弄个清楚，开始大海捞针般走街串巷寻找程丽娜。
　　赵东风根据程丽娜撕碎的一个电话号码来到了东海市，最终根据电话号码找到了一个小区。他的到来已经引起了一个叫乌子豪的业主的注意。乌子豪暗中监视着赵东风，并千方百计阻挠赵东风寻找程丽娜，原来，乌子豪曾经是程丽娜的男朋友。正是他操纵程丽娜利用同赵东风的儿子骗取继承了东方集团总裁张厚城的丰厚遗产，计划的即将成功使程丽娜处于一种兴奋痛苦的胶着状态，即满足于得到的巨大财富，又愧疚于自己对赵东风的薄情负心。
　　赵东风的寻妻举动被报道后成为被称为“真诚偶像”的名人。一天一个女孩子郭美丽向赵东风表白了自己对他的仰慕，要求义务帮助他寻找妻子，但是，赵东风意外地发现郭美丽用的是假身份。赵东风对她产生了怀疑。赵东风暗中查明了她的真实身份，发现她竟然是乌子豪派来阻挠赵东风寻找程丽娜的。正当赵东风要向她盘问真相时，她却跳窗而逃。
　　赵东风发现一个叫顾易林的人也一直在找程丽娜，赵东风对他产生了怀疑，他不知道，顾易林手里掌握了程丽娜曾经做过视频女郎的惨不忍睹的经历，他之所以要找程丽娜，是为了以此来敲诈即将暴富的程丽娜。
　　赵东风到装修公司打工边赚血汗钱边继续寻找程丽娜。赵东风所在的装修公司接到了一项别墅装修工程，谁知在施工时赵东风察觉，别墅主人竟然就是自己苦苦寻找的程丽娜！
　　程丽娜觉察到赵东风已经渐渐靠近了自己，她自觉无颜面对赵东风，千方百计的躲避赵东风。但却没能逃脱顾易林的追查，顾易林肆无忌惮的敲诈要挟程丽娜，千钧一发之际，苦苦追寻的赵东风再次出现解救了程丽娜，而自己却几乎命丧顾易林刀下。
　　一直对程丽娜心怀芥蒂的张厚城的妻子李晓慧，终于揭破了乌子豪利用程丽娜骗取遗产的阴谋，乌子豪在最后一刻功亏一篑，受到了法律的惩罚。
　　程丽娜终于幡然醒悟，开始体会到爱情的真谛和真情的可贵，她对赵东风表示深深的忏悔，而赵东风则表示她永远是自己一生的爱人。
　　一、程丽娜，女，二十八、九岁，是一个感情欺骗者。在资本的原始积累中失败的悲剧女性，用自己的身体和情感作为报复男人的武器。但是，被命运捉弄的她在这场不道德的报复中注定同样会沦为失败者。她为了报复，为了得到自己失去的东西策划了精密的阴谋，最终锒铛入狱。
　　二、赵东风，男，三十来岁。一个感情的受骗者，同时也是一个爱情的执著的追求
　　者，是个真诚的固执的男人。真诚和执著感动美人，最后抱得美人归。
　　三、乌子豪，男，三十五左右岁，程丽娜的前男朋友。东方集团的办公室主任，一个阳光而阴谋的男人，是个卑鄙的小人。他策划了整个阴谋。钱是他的乌托邦是他的上帝，他最高目标就是要最大限度的夺取利润，要合法利用自身的资源来掠夺和享受这个世界的财富。他的一切行为逻辑都是围绕着这个目标进行的。
　　四、葛菁菁，二十四岁，假名郭美丽。一个被命运捉弄的女孩子，是一个在欺骗的世界中生存的不沉默的羔羊。为了自己的生存而搏杀着，最后也是血淋淋的受伤。她的真爱应该是乌子豪。
　　五、葛川川，二十七岁，假名何玉芳。葛菁菁的姐姐。
　　六、张厚城，五十多岁，程丽娜的情人，东方集团的总裁。非常传统的男人，一个为了事业可以放弃爱情的男人，一个中国皇帝式的管理者，独裁者，迷失在了爱情中。虽然冲破了传统在最后为程丽娜强行建立了权威，但还是充满了传统的烙印，是一个专制狂。
　　七、董欣欣，电视台的记者，女，二十六岁。一个正直的电视人。
　　八、胡永晨，电视台记者，男，二十八岁。一个充满了野心的男人，也是一个因为野心太大而失败的男人。为了出名而企图把自己强加给这个世界用自己的观念来改变世界，最终被碰的头破血流。
　　九、顾易林，男，三十四岁左右。一个为了生存而焦灼的男人，终于找到了发财之路，同时也是毁灭之路。是个卑鄙的小人，试图通过意外发财的人。
　　十、曹胜利，男，二十七岁，一个有反骨的男人，永远在窥视觊觎着比自己有权力和财富美女的男人，直到自己能够代替这些男人。是一个没有诚信的踩着男人上去的男人。是螳螂捕蝉黄雀在后的一个人物，他可以踩着恩人的尸体朝上走的人。是一个绝对的机会主义者，最后牺牲在机会主义之中。
　　十一、李晓慧，四十五岁，女，对生命充满渴望的女人，苛刻的严谨地充满了自我保护意识的女人，多年来养成了防范意识。当张厚城去世后，担任了东方集团的总裁，于是另外一个女张厚城产生了。是个有霸气的女人。
　　十二、李晓石，男，三十八岁，是李晓慧的亲弟弟，见了程丽娜后改变了自己的人生观，是一个为红颜可以冲动献身的男人，为了程丽娜可以放弃一切。

　　民国初年，有香木镇。香木镇以香溪西侧耿家为首户，耿家凭掸子闻名。掸子用鸡毛扎就，普普通通的手艺，经耿家之手扎出了名堂。光绪年间，耿家的一把红光宝掸，竟让宫里花了二十万两白银。传到耿佩奇耿老爷手里，世道变了，可掸子的名声和价值没变。耿家每年只出一把掸子，五万块大洋一把，山外的达官贵人还得排着队来请。能请到耿家宝掸，是世人的荣耀，更是香木镇的荣耀。因此耿家便是香木镇的荣耀。但是耿家的家底空了，就空在鸡毛掸子上……

　　尹童刚从大学建筑系毕业，就在城市景观设计展中大放异彩，他在作品中所提出的“城市之肺”与“时空之印”概念，博得参展者一致好评。同一时间，梨农老尹费尽廿年心力研发改良的新品种水晶梨，却在购销展中遭遇挫折，乏人问津。
　　就在大城市的两个角落，一样人生两样情，尹童登上巅峰，老尹坠落谷底。没有人知道，这两人都在百忙之中拨空去看了对方的作品，但都只是悄悄而来、悄悄而去。当两人不期而遇时，除了有那么一下子望着对方，却随即错身而过。
　　尹童，不曾唤老尹一声“父亲”。父子形同陌路，只因同一个梦，却不同的路。这个秘密，只有杨岚知道。
　　杨岚是开发商八方集团总经理杨世荣的女儿，她自小患白血病，绝少出门，杨家的别墅“红楼”虽是她的家，也像是她的牢笼。每逢初春，窗外盛开的梨花变成她向往的自由。虽说梨花三月雪，落土化尘泥，可她认为，只要灿烂过，便值得。就这样，每天下午她以“散心”之名外出，实则偷偷溜到梨园帮忙，她成了老尹的助手，浸淫于嫁接、花前肥、授粉、保叶等园艺，老尹想的是果，她想的是花。就这样，她虽从未见过尹童，却早已从老尹口中得知尹童的种种。老尹不断吹嘘尹童是如何聪明绝顶而善体人意，精灵古怪而不失赤子之心，尹童有百般的好，却唯独不想种梨，这也是父子绝裂的原因。
　　老尹并不知道，尹童之所以有「城市之肺」和「时空之印」的构思，只因他心中，梨园长在。
　　杨岚再度听到尹童的名字，是从妹妹杨昕的口中。这对姊妹虽是异父异母所生，感情却非常融洽。若说，杨岚像月亮，纤细易感，杨昕恰似太阳，活泼灿烂。杨昕说服父亲把尹童延揽进公司，尹童却因着对她的误解，不屑地拒绝。后来，杨昕又说服董俊翔出面，终于把尹童延揽入俊翔的建筑师事务所。杨昕成天巴着尹童，因他而喜、因他而悲，却一点都不了解尹童。她苦恼的时候，只能找杨岚倾诉，没想到杨岚总是能马上猜出尹童的想法，甚至指点她一招半式去应付尹童。她不知道，杨岚太熟悉尹童了。
　　在尹童眼中，杨昕也是个怪！原本以为她灿烂如阳光，不料又偶尔擦见她竟也有着如月亮般易感的一面，他不知道那是杨昕的表演，幕后高手就叫杨岚。当尹童渐渐对杨昕动心之际，他们二人都未察觉，他真正爱上的不是杨昕，而是他素未谋面的杨岚。直到他终于见到杨岚，她虽一直有意躲着他，他仍慢慢发现，杨岚才是杨昕身上的那一轮明月。
　　待杨昕发现真相之后，她吵过闹过，却很快归于平静，只因她知道，姊姊的生命宛若梨花雪三月，杨岚一直希望花开灿烂，而尹童正是杨岚的灿烂。
　　尹童和杨岚，终于无可回避的面对彼此。他知道她的白血病，可是无怨无悔。她知道他的梦想，是以千方百计促成父子和解。老尹终会了解，尹童自幼目睹父亲日晒雨淋、双手泥污，因而将父亲的寻梨之梦转化为城市之梦，此即「城市之肺」与「时空之印」的构想源头。而尹童也终将了解，父亲苦心孤诣死守那片梨园，终其一生指甲缝里塞满了叶绿渣，只因青春之梦未了。
　　然而，杨世荣之妻方佩珊发现尹童竟是老尹与童蕾之子，竟反对尹童与杨岚交往，只因佩珊恨老尹，更恨童蕾。她和老尹、童蕾拥有过同样的青春之梦，也曾相交莫逆，直到发现她所深爱的世荣竟喜欢着童蕾，她用爱情苦撑起来的青春之梦也一夕崩解，她离开梨园，结了婚又离了婚，随后又带着幼女小昕嫁给杨世荣。廿多年来，她的人生际遇由谷底翻上高峰，如今已贵为八方集团董事长，而童蕾早已不知去向，老尹依旧是昔日那个梨农，指甲缝里永远剔不清的绿渣。可说不上为什么，佩珊依然恨，或许她始终以为童蕾抢走了她的至爱，也或许，老尹和童蕾活得太坦荡，坦荡地坚持于早已遭佩珊毁弃的理想与梦。
　　佩珊的恨意，为尹童、杨岚、以及老尹带来无穷的灾难。就算连杨昕都看不惯母亲的作为而与母亲激烈争执，仍难以阻止佩珊贯彻她的意志。尹童无欲则刚，他可以一无所有，也可以毫不恋栈，可是当佩珊的作为伤及杨岚、也伤及他的父亲时，他愤怒了。
　　肺，旨在绿化水泥丛林。印，旨在涵养情感记忆。尹童的构想，因不符利润要求，在八方集团内部原已遭到激烈的反对，尹童早就习于一夫当关。然而，在佩珊的推波助澜下，父亲的梨园面临八方集团的收购改建，梨园之畔的小教堂也面临拆除的命运，于是，尹童再也忍无可忍。小教堂，与宗教无涉。在凡事因陋就简的克难年代，它曾经是培育出上一代水晶梨的第一线农业改良试验所。红砖灰瓦，涵养着老尹那一代下乡知青的理想、青春、记忆，一个火红的梦。
　　尹童递出辞呈，带着杨岚逃出红楼，回到了梨园。除了陪伴父亲致力于梨种改良，他还想在梨园内搭建起一栋白屋，屋如梨花之雪白，亦如杨岚自由之梦。
　　搭建白屋的同时，杨岚日益病弱。当尹童意识到自己负担不起高昂的骨髓移植医药费用，而那却是杨岚唯一的生路，于是，他不得不让步了。那年三月，梨花依然盛开，老尹培育的新一代水晶梨终于通过天候及种种自然条件的严酷考验，大功告成，尹童却抱着杨岚回到红楼，恸然目送杨岚隐没在门后，红楼外飘着的三月雪，也隐没了尹童。
　　尹童的无悔，杨岚的痴情，终于让佩珊悔愧得无地置容，可是一切似已太迟，杨岚的生命正一点一滴的流逝……
　　一年后，浦江之畔流传着一些传说。有人说，梨园中盖起了一座白屋，成了四季恒常的三月之雪。有人说，白屋的年轻主人推出的新开发案，击败了八方集团，也无异于为梨农们漂亮的打赢了一场行政官司，保住了那片梨园，而梨园恰恰处于白屋主人为城市规划的“城市之肺”的边边。有人说，白屋主人还保住了那座小教堂，它被缀入了许多相片和仪器，相片里头有着像他爸妈那样的无数梨农，成为见证梨农青春的“梨博物馆”，也成了他为城市规划的一枚“时空之印”。
　　还有人说，有一年的三月，白屋主人在梨园纷飞似雪的花径上遇见了两个女孩，一个女孩像太阳，一个女孩似月亮……