昔日的广东十虎铁桥三厌倦世事争端，与女儿如花隐居小镇。恶霸毛良抢走了铁桥三的大洋，被铁桥三痛打，毛良借此在富家公子冯十二面前诬告铁桥三。十二找到铁桥三比试，惨败后拜师门下，在学艺过程中，卷入铁桥三和北派猴拳王的争斗当中，并与铁桥三的女儿如花发展成恋人。

　　将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
　　神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！

　　重案组沙展马军（甄子丹 饰）致力抓拿犯罪分子，身手不凡的他由于抓贼心切常常出手过重。警方一直搜集越南帮兄弟阿渣（吕良伟 饰）、Tony（邹兆龙 饰）、阿虎（行宇 饰）的犯罪证据，于是派出了华生（古天乐 饰）以卧底的身份潜入他们之间。三兄弟为人心狠手辣，想铲除掉眼中钉阿山。阿渣被抓后，Tony也识破了华生的真实身份，要将华生以及其他证人通通杀掉，救出大哥。华生女友秋堤（范冰冰 饰）被挟持，华生不得不放弃指证阿渣。华生与女友都抓走当人质，马军也带着阿渣去营救华生。

　　黑帮老大“校长”想金盆洗手，却被女友小嫂和手下阿一( 吴庆哲 饰)出卖，并遭到追杀。“校长”将自己瑞士银行的密码告诉了孙女小雨，并给了她两张半截的美钞，声称关键时刻寄出，能得到江湖传奇人物神枪手和智多星的保护。 阿一为了获得“校长”的巨款与境外的老大钟胜一（曾志伟 饰）合作，杀死了“校长”，并四处寻找小雨的下落；警方派出了菜鸟警官王小飞（方力申 饰）保护小雨，小雨也寄出了求救信。于是，智多星（黄秋生 饰）和神枪手（吴镇宇 饰） 重出江湖，他们除了要和阿一斗智斗勇之外，还要时时警惕来自身边的危险……