上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。
 与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。
 同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......
 两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？

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　　故事发生在超级贵族女校圣女学院中，在这里生活学习的，都是出生高贵的千金小姐，她们的举止投足之间优雅气息显露无疑，绝对不可能做出任何有违身份的失礼之举，钦慕她们的平民们称之为“大天使的少女们”。
　　城史绪从小过着和母亲相依为命的平常生活，然而，某一天，这城史绪唯一的依靠突然去世。无奈之下，城史绪只能来到了从未见过面的哥哥一臣（伊势谷友介 饰）家中寄宿，哪知道身为贵族的哥哥和自己简直不是一个世界的人。就这样，城史绪成为了圣女学院中的转校生，来自于平民社会的她必须在短时间内学会只属于王公贵族们的种种繁文缛节，除此之外，她还要面对的是校园里接二连三发生的各种意外。

　　毕业旅行本是很快乐的事，可明日香（堀北真希饰）却留在被其他同学遗忘的角落。她在学校被同学们欺凌，同伴Pam还因无法忍受欺凌而上吊自杀了。Pam的怨气积聚，让明日香为她报复。
　　诅咒在进行，梓、健、瑞江等同学先后收到“自己”打来的电话留言，不久他们真的在电话所预言的时间死去！毕业旅行被浓重的恐怖气氛笼罩，大家惶惶不可终日。
　　艾米莉（黑木メイサ饰）对同学们蹊跷死去背后的真相有所察觉，原来她的心中埋藏了一个巨大的秘密，为了阻止事件的扩大化，艾米莉打算亲手结束这一切。

　　工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。
　　众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话。

　　接线员里子（池胁千鹤 饰）刚从失恋的痛苦中走出来，可是她仍期待着新一段恋情的到来。
　　态度和蔼的店员秋代（中越典子 饰），欠下了一大笔债务，她孤单得想要自杀。而塔子的工作极其不如意，千裕的生意也不甚如意。
　　四个性格各异的女子都有着各自烦恼的事情，都感受到活着的痛苦。而生活有能否在她们的坚持与努力中出现转机，得到改善呢？

　　岸田智也（市原隼人）和佐藤葵（上野树里）在大学结识。二人非常合拍，葵还常常给智也出谋划策如何追女生。葵是独立电影制作小组的成员，她要在毕业前导演一部叫《THE END OF THE WORLD》的电影，于是决定选用智也当男主角。无奈毕业后，路开始分叉。葵引荐智也去了一间影视社工作，重遇那晚葵想说出对智也的情愫，然而终究没有开口。
　　葵不久飞往美国留学。正巧智也抬头，看到天空挂着彩虹。他兴奋地拍下，发送给相隔重洋的葵，但是却得到了葵飞机失事罹难的噩耗。亲人同学都悲伤不已，用她生前的电影去悼念逝者，在智也的心目中，葵也始终朦胧的牵动着他内心的爱。

　　可爱的市子（吉井怜饰）是大学里一名普通的大学生，她和父亲（石田衣良饰）感情很好，但是市子却不得不告诉父亲自己是lesbian的事实，并向他介绍了自己的恋人英理（今宿麻美饰）英理是法律系大三的学生，是个独立自主的女学生，她和父亲感情不好，所以一直希望可以考取律师资格，面对考试的压力与爱情的抉择，两个人的恋情能够开花结果吗？

　　东京湾岸区连续发生杀人事件，被害者皆为溺死，警方的调查毫无进展。警官吉冈（役所广司饰）在事发现场找到一枚纽扣，回家后却发现自己的外衣正好掉了一粒同样的扣子。其他的蛛丝马迹也表明与自己有关，他开始怀疑自己就是凶手。为此吉冈苦恼万分，而恋人春江（小西真奈美饰）却表现得十分冷淡。重返凶案现场的吉冈，听到了诡异可怕的声音，并见到一名红衣女子（叶月里绪奈饰）。女子告诉吉冈，15年前，她曾为他所爱并被他亲手杀死。
　　吉冈独自来到精神医生高木（小田切让饰）那里求助，多年的老同事宫地（伊原刚志饰）也开始怀疑吉冈，他徘徊在友情和职责之间难以做出抉择。吉冈的生活渐被击碎，他打开了连接过去和现在的秘密……

　　玲（大冢爱 饰）20岁那年从乡下来到了东京，想于东京寻找自己的梦想。她在一间叫“梦之藏”的居酒屋打工，在那里她认识了几个好朋友：喜欢画画的真希（小林真央 饰）；想结婚的凉子（真木阳子 饰）；还有喜欢演戏的广野（松本莉绪 饰）。
　　本来是乐队吉他手的隆司（瑛太 饰）表示喜欢玲的声音而邀请了玲加入自己的乐队，但他自己却加入了另外的乐队。隆司离开后，作为乐队主音的玲一直带领着自己的乐队向前走。在凉子的婚礼上，她从身处纽约的真希告知，隆司也在纽约，但已经没有继续音乐事业了。原来隆司所在的乐队，传出了暴力事件，面临解散。
　　得知消息的玲，决定前往纽约寻找她隆司。得到队友支持前往纽约的玲，最终找到了隆司，却遭到隆司拒之门外……

　　毛头小子竹本（樱井翔 饰）是美术系新生，对大学生活充满了憧憬，入驻公寓第一天便受到两个人的震撼：浑身裹着古怪艺术家气质的同屋森田（伊势谷友介 饰），才华横溢而浑身萝莉气的自闭少女花本育（苍井优 饰），二人几乎同时喜欢上小育，但小育和美术老师阿修（堺雅人 饰）有亲戚关系，被他保护得非常严密。另一个室友真山（加濑亮 饰）被女生山田（关惠美 饰）默默爱着，但他却痴迷打工时的上司——美丽成熟的建筑师理花。两条故事线交织着青春的一切：大学生活，艺术梦想，狂狷的内心，矛盾的感情。在身边人个个闪闪发光的映衬下，最为单纯平凡的竹本，从最初的迷茫慢慢意识到自己的成长……
　　本片是大热漫画《蜂蜜与四叶草》真人版电影。

“月与FBI检查官相遇”这个与漫画原作相衔接的重要情节，影片动用超1000名临时演员，并花费千万日圆租下富冈市的地铁“空港线”。电影对漫画作品进行了大幅改编，并对人物设定做了简化和调整。

为了增加电影的戏剧性，第二部增加了“第三基拉”西山冴子等若干原创人物。与此同时，第二部的编导为主人公月安排了意料之外的结局，修改了漫画中的悲剧结局。第三部为了展现电影中东南亚国家的风土人情，剧组包下了泰国那空叻差席玛机场，同时集结了546名群众演员。

　　芬兰是最接近日本的欧洲国家，坐飞机只需要十个小时。幸惠（小林聪美饰）在风光如画的首都赫尔辛基独自经营一家叫做“海鸥食堂” 的日式餐厅，她希望以简单却温暖的传统手卷留住客人的心，只可惜事与愿违，餐厅经常空无一人。后来，绿（片桐入饰）与正子（罇真佐子饰），因为不同原因，先后来到了那里帮忙。
　　再加上日本文化迷的年轻小帅哥顾客，本来只是驻足指点观望，后来却被肉桂卷香味吸引进来的芬兰老太太们，曾在那里工作过而忘不了原来咖啡机的中年男人，认真地询问如何扎稻草人诅咒老公的中年女人。这些有趣而真实的人，围绕在海鸥食堂周围，结下了淡淡的情谊。

　　喧哗东京，同年出生的大崎娜娜（中岛美嘉 饰）和小松奈奈（市川由衣 饰）同住一起，各自经历着激荡绚烂的青春。娜娜和乐队BlackStone同心协力，携手朝着目标奋勇前进。虽然娜娜曾经发出警告，但是因失业而烦闷的奈奈还是未能抵挡Trapnest的队长一之濑巧（玉山铁二 饰）的诱惑，而与之陷入热恋。一向将工作放在首位而在男女之事上表现随便的巧，其作为自然引起周围人的不满，尤其是对奈奈心存爱恋的寺岛伸夫（市川由衣 饰）。伸夫的赤诚与执着，对比巧的冷漠轻浮，终于让痛苦的奈奈做出了决定。全新的恋情，全新的道路，这群年轻人还将经历更多的考验……
　　本片根据矢泽爱的同名小说改编。

　　新垣洋太郎（妻夫木聪饰）是一个开朗的男孩，怀抱着开一间属于自己的小店的理想，每天都努力赚钱。因为他还有一个妹妹将要到冲绳来读书，他要给她好的生活。妹妹叫小薰（长泽雅美饰），这个妹妹跟他完全没有血缘关系，是当年妈妈带着他改嫁给小薰父亲，可是父亲生性不受拘束，不久便出走了。母亲临终前嘱咐洋太郎一定要好好照顾妹妹，两人便相依为命了十多年。
　　可是好景不长，洋太郎正要开张新店时，才知道原来自己被骗了。女友父亲又阻止他们交往，可谓受尽挫折。妹妹非常心疼，其实很早在她心里，她便喜欢了哥哥。就算升大学决定独立生活也是因为这个原因，可是当她把心意都告诉哥哥的时候，哥哥却离她而去……

　　居住在海滨小镇的16岁女孩雨音薰（YUI 饰）青春美丽，然而正值花季的她却无法像同龄人一般在洒满阳光的海滩边自由玩耍与奔跑。原来薰罹患一种罕见的疾病——XP色素性干皮症，她的皮肤不能接受阳光照射，否则将出现生命危险。从此白天与之无缘，薰只能终日躲在家中，唯一的乐趣也只是趁着夜晚踱到车站广场唱着自己喜爱的歌。在这一过程中，薰渐渐喜欢上时常路过车站的冲浪男孩藤代孝治（塚本高史 饰）。某天，她带着胆子追上去，对孝治表白。温柔的海风，吹拂着他们慢慢升温的恋情。可是，薰就像童话中的灰姑娘，无论怎样眷恋都必须在日出前赶回家中。对于生命之火渐渐微弱的她来说，无论爱情还是音乐，都已成为无比奢侈的东西了……

　　濑川诚人（玉木宏 饰）是一个大学新鲜人，他不愿参加学校的开学典礼而选择了在校园附近闲逛。他在马路旁遇到了里中静流（宫崎葵 饰），她古怪的行径使热爱摄影的诚人忍不住按下了快门。自此静流喜欢上了诚人，可诚人只当她是朋友。随后他们成为了朋友，诚人也喜欢上了同班的富山美雪（黑木明纱 饰）。他跟静流发现了一个环境优美的树林，因为喜欢诚人的关系，静流也喜欢上摄影。静流要和诚人一起参加摄影比赛，而她的作品就是拍下跟诚人在湖边接吻的画面。但是当天傍晚，静流却不辞而别……