石启泰（蓝天 饰）在战乱之中和自己的妻子苏瑞芳（李香琴 饰）走散了，之后，以为苏瑞芳已死的他和千金大小姐荣国碧（罗兰 饰）走到了一起，两人孕育了爱情的结晶，取名为石永熹（任达华 饰）。石启泰深受岳父的信赖和喜爱，岳父将家族药厂永康堂托付给了石启泰一手打理。 一次偶然中，石启泰和苏瑞芳重逢了，这段本就因为误会而错过的感情死灰复燃。苏瑞芳怀孕了，为石启泰生了一个儿子取名为石晖（周润发 饰），就这样，石晖和石永熹，这一对同父异母的兄弟，他们的命运就此纠缠在了一起。
上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑锋”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊和何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门人庄羽，海归西医小少爷曾帆，冷艳卓绝的女杀手冷月寒，以及诊所护士吴若蓝一同探寻真相，但对手始终暗藏背后，势力强劲，像一个黑洞欲将他们卷入深渊……
