该剧共有八集，描述日本核灾后人心惶惶的关键七日，并分别从政府、企业与冒险犯难的现场人员观点出发，透过严谨的资料搜集，真实还原事发经过，并尝试解答一个问题：“那天究竟发生了什么事？” 2011年3月11日下午2时46分，日本宫城县栗原市发生九级大地震，震度最高到达7级，距离三陆海岸130公里范围皆受重创。日本多个岛屿变成一片破瓦颓垣，一小时后，海中卷起15米高的海啸，瞬间吞没福岛核电厂，但那只是噩梦的开端。这场地震让核电厂的冷却系统失灵，危险重重，局面完全失控。
岁月渐渐的冲逝了彼此的伤痛，沉淀下来的是那永远的真爱。 北京知青梅雁，在山西某个中学做着数学老师，她不但独自带着6岁的女孩梅阿娜，而且这孩子还来路不明，没有人知道她的背景，对她的猜测和不好的传言非常多…… 梅雁默默地忍受别人异样的眼光，80年代初知青返城许多人绞尽脑汁想了各种办法回到北京，而梅雁却铁定了主意要留在山西，而此时阿娜又生病住院…… 同为知青的毛毛老师一直深深爱着梅雁，由于他已结婚，只好将这份情感深深的埋在心里，但他经常照顾梅雁和阿娜，这一切都惹来了毛毛媳妇的嫉恨和别人的猜疑，由于梅雁独身一人，又长得漂亮，学校校长对她垂涏三尺，经常把她叫到办公室，动手动脚，进行性骚扰，但都被梅雁推脱…… 一次办公室的汇报工作中，校长兽性大发，欲强行奸污梅雁，梅雁忍无可忍将校长的行为上告，想不到却惹来校长的报复，将梅雁发配到乡村小学支援乡村教育，此时在北京的阿娜却被毛毛媳妇谎称梅雁已经死亡，拐到北京附近的一家孤儿院。 当梅雁闻讯赶来时，阿娜已经离开孤儿院，被一个叫安琪的人收养了，毛毛老师帮梅雁四处寻找，两颗饱经磨难的心灵，紧紧地依靠在一起……
众人皆知移花宫宫主邀月（于莉 饰）美若天仙但心狠手辣，但宫女月奴（萧蔷 饰）却偏偏要挑战她的底线。她本以为和江枫（陈俊生 饰）私奔最惨不过是一死，但没想到，她那两个刚刚出生的婴儿却得到了比死亡还要悲惨的将来。邀月抱走了其中的一个取名为花无缺（苏有朋 饰），将另一个留给了江枫的结拜兄弟，名震江湖的大侠燕南天（林瑞阳 饰），她要让这两兄弟在不知情的情况下成为仇人，骨肉相残。燕南天查出义弟之死实为遭人陷害，愤怒的他一路追到恶人谷，却中了恶人们的埋伏武功尽失。恶人们收养了燕南天带来的婴孩，取名小鱼儿（林志颖 饰）。 二十年之后，小鱼儿离开恶人谷进入了险恶的江湖，在与温柔可人的铁心兰（陈德容 饰）互生情愫之后又遇见了泼辣的张菁（李绮红 饰），而此时的花无缺也成为了一名武功高强的翩翩美少年，离开移花宫的他目标只有一个，那就是杀掉“仇人”小鱼儿。
因为太子灭门案而流落民间的武帝的皇孙刘病已（孙耀威 饰）已在奶娘的养育下长大成人，迫于生计三人以招摇撞骗为生，而病已则在这种市井生活中成了一个不学无术的街头无赖。胸无大志的刘病已原本以为人生就在这混沌的生活中度过，意外结识的乌龙院师徒三人和权臣霍光（沈保平 饰）之女霍水仙 （曹颖 饰）让他眼界大开，决心入京闯荡。此时汉昭帝的暴毙让皇位之争炙手可热，而谋得一九品芝麻官的病已原本以为人生得以圆满，却不料因得罪新帝刘贺而遭到全国通缉。奸人苏文（公方敏 饰）意外识破了病已隐姓埋名的皇子身份，原本应该一帆风顺的人生就此发生转变，皇子身份更是给他招来无数杀身之祸。而青梅竹马的许平君（宋妍 饰），萍水相逢的霍水仙和乌龙院师徒在危难关头则成了落难王子的生死之交。
不同于长剧和一般的短剧，《乘龙怪婿2》每集为一个独立的故事，无论观众从哪集开始看都不会觉得突兀。每集的名字也极为搞笑，如“超级壮男，想壮就壮，壮得漂亮”、“头文字龟”。
