被临时调入检察厅刑事法制团的黄始木（曹承佑饰），与借调至警察厅搜查革新团的韩汝真（裴斗娜饰）因为溺水案重新有了交集。接下去，警检双方因为长期以来的权力不平等而要求的谈判即将开始。警方想获得从前紧紧攥在检察厅手里的调查权，彻底改变检方与警方的上下级关系，形成互相制衡的新生态。黄始木和韩汝真各自的上级禹太夏（崔武成饰）和崔晖（全慧珍饰），他们将代表各自的组织利益进行警检会谈。但情况不会那么简单，彼此掌握对方黑料，又都擅长利用舆论的两方会让这场权力的让渡之战变得复杂。
7人的刑警组合再度回归。 机动搜查队的刑警东山纪之、法医学者北大路欣也再度搭档，打造刑警+医生超强专家7人组合。“最强的别动搜查队”VS“极凶恶犯罪” 以天树悠（东山纪之饰）为中心，极具个性的专家7人汇聚一起共同解决刑侦疑难案件。 自去年7月第一季开播以来，就备受好评的刑侦剧在原有基础上提高了专业水准，回归水九档。第二季中天树调职去了“机动搜查队”，与北大路欣也饰演的堂本俊太郎再度强强联手，打造警视厅最强的“别动搜查队”，致力于解决数个极凶恶犯罪案件
