故事讲述一个迫降的外星人哈利(图代克饰)在接受了自己科罗拉多小镇医生的新身份后，本带着秘密使命来到地球的他，最终提出了人生中的重大课题：人类值得拯救吗？以及为什么他们在吃披萨之前要折叠？ 上一季末，外星人哈利驾驶飞船飞出了宇宙，而本季中，他又将回到地球，却忘记了他是谁，只有阿斯塔能保护他的安全
关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。 远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的凛（木村文乃 饰）隐姓埋名，作为医生源三郎（高桥克实 饰）的助手，与无血缘关系的养女时（田牧空 饰）平静生活。某日，为了获取治愈时病症的药，凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎（田中树 饰）被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……
