麦克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人找到并救出来。为了心爱的女人和侄子LJ，麦克和在外面活动的林肯又开始了他们新一轮的越狱计划！
关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。 远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的凛（木村文乃 饰）隐姓埋名，作为医生源三郎（高桥克实 饰）的助手，与无血缘关系的养女时（田牧空 饰）平静生活。某日，为了获取治愈时病症的药，凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎（田中树 饰）被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……
