2033年,人类阻挡小行星撞击地球的计划失败了,人类灭亡了,而被遗忘在月球上的中等动物研究员独孤月幸运的活了下来,成为全宇宙最后一个人类。他开始锻炼身体、探索基地,不知不觉竟然将自己在月球上的孤独生活...
2010年,曾经的小学生们已经步入大学,太一、阿和等人步上不同的人生道路,而就在此时,数码宝贝的研究者却告诉他们:“被选召的孩子们”长大成人后,数码宝贝也将随之消失…