在人类即将被灭绝之时，六大圣殿崛起，带领着人类守住最后的领土。一名少年，为救母加入骑士圣殿，奇迹、诡计，不断在他身上上演。在这人类六大圣殿与魔族七十二柱魔神相互倾轧的世界，他能否登上象征着骑士最高荣耀的神印王座。
2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路，而就在此时，数码宝贝的研究者却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…
