在京都一带颇有名气的剧团导演海江田优儿（堂珍嘉邦 饰）毫不声张，悄然无息地和之前曾在同一剧团的恋人亚纪（高梨临 饰）结婚，开始了属于他们两人的爱情生活。在此期间海江田正在排演一部新剧，可是他的种种异样让剧团的负责人龙也（松冈充 饰）颇为担心。果不其然，某天海江田突然提出引退的请求，令龙也急于知晓背后的原因。与此同时，亚纪的妹妹阳菜（石桥杏奈 饰）在毫无征兆的情况下出现在海江田的面前，她的一番话让海江田的心布满阴霾。彷徨的一群人，心中各有所思……
地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。 纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。 J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。 为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。
