长安城里芳园每日熙来攘往，门庭若市，即便屡遭县主李幼贞掣肘，依旧屹立不倒。万国来朝时，芳园之主何惟芳临危受命，于风雪中盛放牡丹，尽显国色芳华，一时声名大噪。经商致富之梦眼看就要成真，却又突闻母亲去世真相，对当下所为顿生迷茫，行商前路未卜。一次意外遇险，让何惟芳豁然开朗，彻悟商人大义，转以实业利民，教授百姓立业，创办平价医药馆“悟庸堂”造福万民。同时暗中助力花鸟使蒋长扬与圣人，对抗意图造反的宁王，重振国风。蒋长扬终与何惟芳心意互通，却又不得不为大业而死。何惟芳决意要继续实现二人共同的家国理想，她一边行商济民，一边暗中筹措兵马，欲助圣人卷土重来。生死关头蒋长扬踏血而归，与何惟芳所助河东军并肩作战，最终大败宁王。诸事落定，国泰民安，牡丹芳飘万里，春耕大地。
故事发生以明朝正德年间，陕西省宝鸡府凤翔县。世袭指挥秦昆鹏的母亲给孙玉凤送去一只玉镯，孙玉凤回赠一幅荷花图，两家定亲。尤彩凤的舅父母褚生和贾氏夜宿尤家，双双被害，贾氏人头也不知去向。尚朝奉夜拾包袱，见是女人头颅，丢入朱砂井中。他害怕伙计孙玉秀报官，将他推入井中害死。第二天到县衙告状，谎说孙玉秀偷银窃物后逃走。县令钱树于受书吏任义操纵，判孙玉秀的父亲孙国安赔偿，孙国安不服，被押进监牢。孙玉凤父亲被押，上堂辩理，钱树青说她无理取闹，将她押在狱中。 女牢中，龙彩凤细说原委，秦昆鹏的未婚妻孙玉凤见此案有冤，决心去府衙伸诉。知府宁信到县复审，任义买通府衙女仵作水蜜桃，诬险尤彩凤失节，宁信误信，错判尤彩凤、秦昆鹏通奸杀人罪名成立。孙玉凤不服，到省上告。按察院陈思三复审，女仵兰彩华巧妙地破坏了尤彩凤的尿样，又误验尤彩凤为孕妇，使尤彩凤、秦昆鹏奇冤难雪。发审官杜重仁见此案不实，便乔装私访，弄清了真相，并从朱砂井中捞出贾氏人头与孙玉秀尸身，将尚朝奉、胡媒婆、胡大楞缉拿归案。
该剧讲述了在国际反恐新形势下，一支汇集了秦观、宁檬、童梦瑶、陈浩哲等高智商、高学历、高标准的“男女混编”反恐特战队临时组建而成，在血与火的搏杀中，与暴恐分子展开生死较量，在生与死的磨砺中，自身得到历练、成长和蜕变的故事。
近年来演惯了平民“老好人”的张国立，此番在《草根王》中彻底颠覆以往形象，出演了反一号刘尚文——一个混迹于南市，以警察的身份为幌子招摇撞骗、嗜赌如命，最终沦为汉奸的大恶人。全剧的第一主角朱山，由实力派演员王志飞扮演。朱山自幼对《周易》颇有悟性，后被奸人所害入狱。在狱中，他拜师学艺，进入了“高买”行（旧时指劫富济贫的侠盗），后来又以相士的身份作为伪装，与日本人斗智斗勇，保护了中国的国宝。
